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    Introdução

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    A técnica de Docking molecular permite prever a orientação adotada por uma molécula ao se ligar à outra, e é frequentemente usado para prever a conformação adotada por pequenas moléculas ao se ligar a proteínas.

    Apesar da grande capacidade o método de docking ainda encontra algumas limitações importantes, dentre as quais talvez a mais importante seja a flexibilidade do receptor. Uma das técnicas utilizadas para contornar essa dificuldade é conhecida como ensemble docking, que envolve o uso de técnicas de amostragem por simulação molecular (dinâmica molecular ou Monte Carlo) para criar uma variedade de conformações para o receptor, e utilizar essas conformações nos estudos de docking.

    Nesse tutorial, vamos explorar o uso da amostragem via Dinâmica Molecular na obtenção de conformações diferentes para a enzima serene protease do vírus da dengue. As conformações obtidas poderão então ser utilizadas para os estudos de docking na próxima etapa.

    Todos os cálculos exemplificados aqui utilizarão programas do pacote AMBER, um conjunto de programas para a simulação de biomoléculas.

    1. Obtenção da estrutura inicial

    Os cálculos de DM necessitam uma estrutura inicial, que pode ser obtida do banco de dados de estruturas de proteínas Protein Data Bank (PDB). No entanto, os arquivos depositados no PDB ainda precisam de um tratamento especial antes de serem aplicáveis na simulação, e vamos considerar essas etapas aqui.

    2. Preparação dos arquivos de entrada para DM

    Uma vez obtida a estrutura no formato necessário, vamos utilizar o programa tleap para gerar os arquivos contendo toda a informação necessária para o programa de dinâmica molecular.

    3. Realização dos cálculos de DM

    Nessa etapa, utilizaremos o programa de simulação sander para gerar uma amostragem das estruturas acessíveis molécula em uma determinada temperatura.

    4. Agrupamento dos resultados

    Dentre as estruturas geradas na etapa anterior, há muitas que são parecidas. A invés de tentar utilizar cada uma no docking, vamos separá-las em grupos (clusters) que possuem estruturas semelhantes, e escolher apenas uma estrutura representativa para cada grupo. Essa estrutura é que será usada na etapa de docking.