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    Instalação do SGE QMASTER

    Introdução


    Prefiro instalar separadamente os serviços do SGE, porque na máquina mestre, em geral, instala-se apenas o serviço de administração (sge_qmaster). Mas, pode-se também instalá-la como um nó de execução (sge_execd).

    Configurações de pre-instalação


    Resolução de Nomes


    A primeira coisa a fazer antes de configurar o sistema de filas é necessário modificar as resoluções dos nomes, pois o SGE depende de resolução de nomes. O SGE não permite que o localhost tenha resolução de IP, por isso devemos modificar o arquivo /etc/hosts para remover a resolução de nomes do localhost e adicionar o IP e nome da máquina que estamos instalando.

    Para uma maquina chamada quad com IP 10.0.0.1, por exemplo, no Ubuntu 10.04 o arquivo /etc/hosts é por padrão assim:
    127.0.0.1 localhost
    127.0.1.1 quad

    # The following lines are desirable for IPv6 capable hosts
    ::1 localhost ip6-localhost ip6-loopback
    fe00::0 ip6-localnet
    ff00::0 ip6-mcastprefix
    ff02::1 ip6-allnodes
    ff02::2 ip6-allrouters
    ff02::3 ip6-allhosts
    Ao remover o localhost e colocar as informações de IP da máquina o arquivo fica assim:
    #127.0.0.1 localhost
    #127.0.1.1 <nome-da-máquina>

    # The following lines are desirable for IPv6 capable hosts
    ::1 localhost ip6-localhost ip6-loopback
    fe00::0 ip6-localnet
    ff00::0 ip6-mcastprefix
    ff02::1 ip6-allnodes
    ff02::2 ip6-allrouters
    ff02::3 ip6-allhosts

    10.0.0.1 quad
    Para adicionar mais máquinas no sistema de filas, deve-se completar este arquivo com os nomes e IPs de cada uma.

    Protocolo de Comunicação


    O sistema de filas SGE pode utilizar 2 protocolos distintos para se comunicar com as máquinas que estão na fila. O primeiro protocolo é o SSH e o segundo é o NIS (services). Em geral, eu prefiro instalar o SGE com o protocolo SSH, mas você pode instalar utilizando o NIS (services). Não tenho nada contra o protoclo NIS, ele funciona perfeitamente, no meu notebook, por exemplo, o SGE está instalado com NIS.

    Caso você queira instalar com o SSH no Ubuntu 10.04 você precisa remover do arquivo /etc/services as portas do SGE. A razão para isso é que o Ubuntu tem um conjunto de pacotes chamados "gridengine" que contém o sistema de filas SGE. Estes pacotes foram instalados com o protocolo NIS, logo ele já vem pré-definido para usar o NIS.

    O problema é que ao instalar do zero -- como estamos fazendo -- o instalador pedirá para configurar as portas do services, mas como já estão configuradas, ele vai supor que outro serviço estão usando-as e não permitirá a instalação. Neste caso devemos ou escolher outras portas, ou remover o suporte, neste arquivo, para o conjunto de pacotes "gridengine". Eu prefiro a segunda, pois não haverá mais necessidade de instalar estes pacotes, por estamos instalando tudo na mão.

    Para fazer isso você deve comentar as linhas abaixo no arquivo /etc/services
    sge_qmaster 6444/tcp # Grid Engine Qmaster Service
    sge_qmaster 6444/udp # Grid Engine Qmaster Service
    sge_execd 6445/tcp # Grid Engine Execution Service
    sge_execd 6445/udp # Grid Engine Execution Service
    Bom, você pode se perguntar o porquê de instalar o sistema de filas do zero se já existe um pacote. A versão do pacote é mais antiga do que a versão que iremos instalar!

    Instalação propriamente dita


    O SGE pode ser instalado em qualquer pasta, mas se você está pensando em instalar um cluster é bom que seja numa pasta que você possa disponibilizar para os demais nós de cálculo. Na barolo, eu instalei na pasta /sge, na gonzagao ela está na pasta /gridware/sge.

    Primeiramente, obtenha os arquivos sge-6_2u6-common.tar.gz e sge-6_2u6-bin-linux24-x64.tar.gz. Extraia o conteúdo dos arquivos para pasta na qual você deseja que fique a instalação do SGE com
    tar xfz sge-6_2u6-common.tar.gz -C <pasta-na-qual-o-sge-sera-instalado>
    tar xfz sge-6_2u6-bin-linux24-x64.tar.gz -C <pasta-na-qual-o-sge-sera-instalado>
    Depois vá para a pasta que contém os arquivos extraidos. E instale o serviço QMASTER, como root com
    sudo ./install_qmaster

    FALTA COMPLETAR

    Corrigindo o erro de instalação no Ubuntu


    Agora é o momento para corrigir o erro que deu na instalação do SGE. Até o presente momento, o SGE não vai iniciar automaticamente quando a máquina for reiniciada. Isso não é o que a gente quer. Não queremos nos dar o trabalho de ter que iniciar na mão o sistema de filas sempre que a máquina seja iniciada.

    Para isso devemos então criar um script de inicialização para o SGE. Calma, calma é a coisa mais fácil do mundo. Eu fiz este aqui sem nem consultar a internet, pois o UpStart é muito fácil de configurar.

    #
    # SGE - Sun Grid Engine
    #
    # The SGE is a queue batch system that help us to manage
    # all the computations that take place on the grid.

    description "SGE - Sun Grid Engine"
    author "Victor Holanda Rusu <victorusu@gmail.com>"

    start on (net-device-up
    and local-filesystems
    and runlevel [2345])

    stop on runlevel [016]

    emits starting-sge

    script
    /etc/init.d/sgemaster.p6444
    #/etc/init.d/sgeexecd.p6444
    end script

    emits started-sge

    Note que caso você instale a máquina mestre para rodar cálculo também, você deve descomentar a linha que contém: /etc/init.d/sgeexecd.p6444

    Configurações para uso


    Tendo completado toda a instalação do SGE, nosso sistema de filas está funcional. No entanto, para que os usuários tenham acesso -- inclusive nós que estamos configurando o sistema de filas -- deve-se adicionar no arquivo .bashrc todas as variáveis do SGE.

    Para fazer isto deve-se apenas adicionar as linhas no fim do arquivo .bashrc
    #
    # SGE 6.2u6
    #
    . /sge/default/common/settings.sh


    Comments

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Este tutorial tem o objetivo de auxiliar e guiar na instalação do software package VOTCA (http://www.votca.org/). O VO...Falsebiomat2015-10-24T16:35:01+00:00biomatBiomat2014-04-19 13:48:51+00:002014-04-19 13:48:51updated51biomatBiomat2014-04-19 13:40:24+00:002014-04-19 13:40:24updated50biomatBiomat2014-03-07 18:21:37+00:002014-03-07 18:21:37updated49biomatBiomat2014-02-27 12:30:24+00:002014-02-27 12:30:24updated48biomatBiomat2014-02-27 12:27:38+00:002014-02-27 12:27:38updated47biomatBiomat2014-02-26 22:08:24+00:002014-02-26 22:08:24updated46biomatBiomat2014-02-25 14:35:18+00:002014-02-25 14:35:18updated45biomatBiomat2014-02-25 14:33:33+00:002014-02-25 14:33:33updated44biomatBiomat2014-02-25 14:32:16+00:002014-02-25 14:32:16updated43biomatBiomat2014-02-25 14:30:06+00:002014-02-25 14:30:06updated42biomatBiomat2014-02-25 14:03:37+00:002014-02-25 14:03:37updated41biomatBiomat2014-02-25 13:59:32+00:002014-02-25 13:59:32updated40biomatBiomat2014-02-25 13:57:47+00:002014-02-25 13:57:47updated39biomatBiomat2014-02-25 13:56:52+00:002014-02-25 13:56:52updated38biomatBiomat2014-02-24 19:35:19+00:002014-02-24 19:35:19updated37biomatBiomat2014-02-03 15:15:39+00:002014-02-03 15:15:39updated36biomatBiomat2014-02-03 15:15:09+00:002014-02-03 15:15:09updated35biomatBiomat2013-11-06 23:36:18+00:002013-11-06 23:36:18updated34biomatBiomat2013-11-06 23:36:13+00:002013-11-06 23:36:13updated33biomatBiomat2011-09-03 09:42:19+00:002011-09-03 09:42:19updated32biomatBiomat2011-08-23 21:52:46+00:002011-08-23 21:52:46updated31biomatBiomat2011-07-26 22:37:00+00:002011-07-26 22:37:00updated30biomatBiomat2011-07-09 20:45:07+00:002011-07-09 20:45:07updated29tasoaresThereza Soares2011-05-21 01:52:32+00:002011-05-21 01:52:32updated28biomatBiomat2011-05-20 09:52:18+00:002011-05-20 09:52:18updated27biomatBiomat2011-05-20 09:03:48+00:002011-05-20 09:03:48updated26biomatBiomat2011-05-19 01:09:24+00:002011-05-19 01:09:24updated25biomatBiomat2011-05-19 01:09:09+00:002011-05-19 01:09:09updated24biomatBiomat2011-05-07 05:12:52+00:002011-05-07 05:12:52updated23biomatBiomat2011-05-06 18:42:54+00:002011-05-06 18:42:54updated22biomatBiomat2011-05-06 10:13:59+00:002011-05-06 10:13:59updated21biomatBiomat2011-05-06 10:12:46+00:002011-05-06 10:12:46updated20biomatBiomat2011-05-06 01:39:45+00:002011-05-06 01:39:45updated19biomatBiomat2011-03-09 23:58:20+00:002011-03-09 23:58:20updated18Added tag - hotbiomatBiomat2011-03-09 23:58:15+00:002011-03-09 23:58:15addTag17biomatBiomat2011-03-04 11:43:58+00:002011-03-04 11:43:58updated16biomatBiomat2011-03-04 11:33:45+00:002011-03-04 11:33:45updated15biomatBiomat2011-03-04 11:33:14+00:002011-03-04 11:33:14updated14biomatBiomat2011-03-04 11:23:04+00:002011-03-04 11:23:04updated13biomatBiomat2011-03-04 11:22:25+00:002011-03-04 11:22:25updated12biomatBiomat2011-03-04 11:21:56+00:002011-03-04 11:21:56updated11biomatBiomat2011-03-04 11:19:50+00:002011-03-04 11:19:50updated10biomatBiomat2011-03-04 11:19:04+00:002011-03-04 11:19:04updated9biomatBiomat2011-03-04 11:14:52+00:002011-03-04 11:14:52updated8biomatBiomat2011-03-04 10:43:23+00:002011-03-04 10:43:23updated7biomatBiomat2011-03-04 10:42:05+00:002011-03-04 10:42:05updated6biomatBiomat2011-03-04 10:40:44+00:002011-03-04 10:40:44updated5biomatBiomat2011-03-04 10:38:59+00:002011-03-04 10:38:59updated4biomatBiomat2011-03-04 10:38:06+00:002011-03-04 10:38:06updated3biomatBiomat2011-03-04 10:37:18+00:002011-03-04 10:37:18updated2First createdbiomatBiomat2011-03-04 10:35:29+00:002011-03-04 10:35:29created1wiki2014-04-19T13:48:51+00:00groups/geekstuff/wiki/c24e6FalseCluster barolo - Guia do usuário/groups/geekstuff/wiki/c24e6/Cluster_barolo__Guia_do_usuario.htmlBiomat51 updatesCluster barolo - Guia do usuário Introdução Antes de você começar a rodar cálculos na barolo, por favor, siga todos os passos abaixo. Gostaria de adicionar que a barolo está c...Falsebiomat2014-04-19T13:48:51+00:00biomatBiomat2013-03-14 22:07:29+00:002013-03-14 22:07:29updated29biomatBiomat2013-03-14 22:06:03+00:002013-03-14 22:06:03updated28biomatBiomat2013-03-14 20:51:48+00:002013-03-14 20:51:48updated27biomatBiomat2013-03-14 20:51:28+00:002013-03-14 20:51:28updated26biomatBiomat2013-03-14 20:47:35+00:002013-03-14 20:47:35updated25biomatBiomat2013-03-14 20:46:59+00:002013-03-14 20:46:59updated24biomatBiomat2013-02-11 01:01:04+00:002013-02-11 01:01:04updated23biomatBiomat2013-02-11 00:58:48+00:002013-02-11 00:58:48updated22biomatBiomat2013-02-11 00:56:47+00:002013-02-11 00:56:47updated21biomatBiomat2013-02-11 00:56:04+00:002013-02-11 00:56:04updated20biomatBiomat2013-02-08 04:57:24+00:002013-02-08 04:57:24updated19biomatBiomat2013-02-08 04:57:14+00:002013-02-08 04:57:14updated18biomatBiomat2013-02-08 04:54:53+00:002013-02-08 04:54:53updated17biomatBiomat2013-02-08 04:50:29+00:002013-02-08 04:50:29updated16biomatBiomat2013-02-08 04:39:37+00:002013-02-08 04:39:37updated15biomatBiomat2013-02-08 03:13:49+00:002013-02-08 03:13:49updated14biomatBiomat2013-02-08 03:11:55+00:002013-02-08 03:11:55updated13biomatBiomat2013-02-08 02:56:49+00:002013-02-08 02:56:49updated12biomatBiomat2013-02-08 02:29:20+00:002013-02-08 02:29:20updated11biomatBiomat2013-02-08 02:26:06+00:002013-02-08 02:26:06updated10Added tag - hotbiomatBiomat2013-02-08 02:19:24+00:002013-02-08 02:19:24addTag9biomatBiomat2013-02-08 00:00:46+00:002013-02-08 00:00:46updated8biomatBiomat2013-02-07 22:17:35+00:002013-02-07 22:17:35updated7biomatBiomat2013-02-07 22:12:20+00:002013-02-07 22:12:20updated6biomatBiomat2013-02-07 22:09:38+00:002013-02-07 22:09:38updated5biomatBiomat2013-01-31 22:07:20+00:002013-01-31 22:07:20updated4biomatBiomat2013-01-31 22:06:53+00:002013-01-31 22:06:53updated3biomatBiomat2013-01-31 22:06:06+00:002013-01-31 22:06:06updated2First createdbiomatBiomat2013-01-31 22:01:42+00:002013-01-31 22:01:42created1wiki2013-03-14T22:07:29+00:00groups/geekstuff/wiki/2ebb2FalseGROMACS 4.6 Installation Guide/groups/geekstuff/wiki/2ebb2/GROMACS_46_Installation_Guide.htmlBiomat29 updatesGROMACS 4.6 Installation Guide 1. Introduction GROMACS 4.6 has another procedure to be installed compared to the previous 4.5.X versions. Now it does not rely on the ...Falsebiomat2013-03-14T22:07:29+00:00hot/groups/geekstuff/search/index.rss?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcomelist/groups/geekstuff/search/?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcomeRecent ChangesRecentChangesListUpdates?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcome0/groups/geekstuff/sidebar/RecentChangesListmodifiedDateallRecent ChangesRecentChangesListUpdateswiki/welcomeNo recent changes.reverse5search