Instalação do VOTCA-CSG

Prefácio


Olá. Este tutorial tem o objetivo de auxiliar e guiar na instalação do software package VOTCA (http://www.votca.org/).

O VOTCA é um pacote desenvolvido em C++ e focado em análise de dados de dinâmica molecular (MD), desenvolvimento de técnicas para systematic coarse-graining e, também, métodos de simulação de transporte de carga em semi-condutores desordenados.

Neste tutorial, concentraremos nossas atenções na instalação do Coarse-graining toolkit (VOTCA-CSG).


WARNING: o autor não se responsabiliza por eventuais danos causados à sua máquina. Faça por sua conta e risco.


Introdução


O VOTCA-CSG é um conjunto de ferramentas que permite a realização das seguintes tarefas:
  • Boltzmann Inversion for bonded potentials
  • Iterative Boltzmann Inversion
  • Inverse Monte Carlo
  • Force Matching
E suporta os seguintes formatos:

Basicamente, o processo de instalação consiste dos seguintes passos:

prefix=/LOCAL_A_SER_INSTALADO (nesse tutorial, será usado --prefix=/opt/votca-1.2.4)
mkdir -p ${prefix}/src
cd ${prefix}/src
wget http://votca.googlecode.com/hg/build.sh
chmod +x build.sh
./build.sh --prefix ${prefix} tools csg


Ou seja,
  • Criar um diretório onde os sources serão colocados
  • Acessar esse diretório
  • Fazer o download do script para construção do programa
  • Tornar o script executável
  • Executar o script para instalação dos módulos do VOTCA usando o mercurial
A seção seguinte apresenta maiores detalhes para instalação e possíveis soluções para erros.


Instalação detalhada no Linux


*O processo de instalação deste tutorial foi baseado no Ubuntu 14.04.

Antes de iniciar, devemos nos certificar que possuímos todos os pré-requisitos necessários:
  • expat
sudo apt-get install expat

* Durante a instalação, caso ocorra um erro por não encontrar um arquivo expat.h, entre no site http://packages.ubuntu.com/. Em seguida, escolha a opção "Search the contents of packages" na seção "Search" e busque o expat.h digitando em "Keyword" e marcando a opção "packages that contain files named like this" em "Display". Seleciona sua distribuição/arquitetura e clique em Search. Ao identificar o pacote que contem o arquivo, instale esse pacote usando: sudo apt-get install NOME_DO_PACOTE.

  • boost
  • boost-program-options
  • fftw3 (instale com double precision --enable-double ou --disable-float)
  • doxygen (sudo apt-get install doxygen)*
  • sqlite3 (sudo apt-get install sqlite3)*
  • txt2tags (sudo apt-get install txt2tags)*
  • pkg-config (sudo apt-get install pkg-config)
  • gsl (sudo apt-get install gsl-bin)
  • blas (sudo apt-get install libblas3 libblas-dev libblas3gf)
  • mercurial (sudo apt-get install mercurial)
* Opcionais. Consulte sua relevância em https://code.google.com/p/votca/wiki/Dependencies.
Uma vez instalado todos os requisitos necessários, podemos seguir a instalação como mostrado acima.

prefix=/opt/votca-1.2.4
mkdir -p ${prefix}/src
cd ${prefix}/src
wget http://votca.googlecode.com/hg/build.sh
chmod +x build.sh
./build.sh --prefix ${prefix} tools csg

Na execução do script, é possível que seja necessário a definição de algumas variáveis (bibliotecas, diretórios, etc.). Alguns deles estão listados abaixo:

-DGSL_INCLUDE_DIR= ~/programs/gsl/include
-DGSL_LIBRARY= ~/programs/gsl/lib/libgsl.so
-DCBLAS_LIBRARY= ~/programs/gsl/lib/libgslcblas.so
-DFFTW3_INCLUDE_DIR= ~/programs/fftw/include
-DFFTW3_LIBRARY= ~/programs/fftw/lib/libfftw3.so
-DGROMACS_INCLUDE_DIR= ~/programs/gromacs/include
-DGROMACS_LIBRARY= ~/programs/gromacs/lib/libgmx.so
-DSQLITE_INCLUDE_DIR= ~/programs/sqlite/include
-DSQLITE_LIBRARY= ~/programs/sqlite/lib/libsqlite3.so

No nosso caso, o comando utilizado foi:

sudo ./build.sh --prefix ${prefix} -DGROMACS_INCLUDE_DIR='/opt/GMX465/include' -DGROMACS_LIBRARY='/opt/GMX465/lib/libgmx.so' -DEXTERNAL_BOOST=OFF -DWITH_SQLITE3=NO tools csg -DEXPAT_INCLUDE_DIR=/usr/include/ -DEXPAT_LIBRARY=/lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so.1 -DFFTW3_INCLUDE_DIR=/opt/FFTW-3.3.4/include -DFFTW3_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3 -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF

Ou seja, especificamos o diretório e biblioteca do GROMACS (DGROMACS_INCLUDE_DIR, DGROMACS_LIBRARY), desabilitamos o boost externo e o sqlite3 (DEXTERNAL_BOOST, DWITH_SQLITE3), especificamos o caminho do expat (DEXPAT_INCLUDE_DIR, DEXPAT_LIBRARY) e do fftw3 (DFFTW3_INCLUDE_DIR, DFFTW3_LIBRARY). Além de utilizar bibliotecas estáticas, não compartilhadas (DBUILD_SHARED_LIBS).

Ao fim, adicione o comando source no .bashrc indicando o VOTCA e suas ferramentas:

source /LOCAL_ONDE_FOI_INSTALADO/bin/VOTCARC.bash

No nosso exemplo:

# VOTCA 1.2.4
source /opt/votca-1.2.4/bin/VOTCARC.bash



Instalação detalhada no Mac OS X


* Essa instalação foi feita em um iMac com o OS X Yosemite (10.10.5).

Antes de começar, recomendamos o uso da versão mais atual do Cmake (arquivo .dmg): coloque em /Applications e adicione a linha abaixo ao seu .bash_profile ou .profile:

PATH="/Applications/CMake.app/Contents/bin":"$PATH"

De modo análogo ao realizado no Ubuntu, temos que instalar as dependências pedidas. Entretanto, alguns detalhes são diferentes:

  • instalar o GLS:
Baixe a versão mais atualizada do GSL (no nosso caso, v. 1.16) em http://ftp.heanet.ie/mirrors/gnu/gsl/. Em seguida execute os seguintes comandos com as respectivas flags para instalar o programa:

tar -xzvf gsl-1.16.tar.gz
./configure --enable-shared --prefix=/usr/local/gsl CC=clang CFLAGS="-O3 -arch x86_64"
make
sudo make install

  • instalar o FFTW:
Baixe a versão mais atualizada do programa no site http://www.fftw.org/ ou utilize o comando curl (ou wget, se preferir) para realizar o download e, em seguida, fazer a instalação:

tar xzvf fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=/usr/local/fftw --enable-threads CC=clang CFLAGS="-O3 -std=c99 -funroll-loops -mavx -march=native -ffast-math"
make
sudo make install

  • instalar o Boost:
Mais uma vez, baixe a versão mais atual do programa (http://www.boost.org/users/download/) e instale no seu OS X seguindo os comandos abaixo.

tar xzvf boost_1_59_0.tar.gz
cd boost_1_59_0/
./bootstrap.sh --prefix=/opt/boost-1.59.0 --with-libraries=filesystem,system,date_time,program_options
sudo ./b2 -j2 toolset=clang cxxflags="-arch x86_64" variant=release link=shared install

Repare que utilizamos como endereço destino para o programa o /opt/boost-1.59.0/, mas também poderia ser /usr/local/boost, por exemplo. O importante será informar o caminho do programa ao instalador do VOTCA como veremos a seguir.

  • INSTALANDO O VOTCA:
Agora podemos instalar o VOTCA de acordo com o procedimento descrito no Linux, adicionando apenas as flags adequadas. No nosso caso, os comandos foram:


prefix=/opt/votca
mkdir -p $prefix/src
cd $prefix/src
wget https://raw.githubusercontent.com/votca/buildutil/master/build.sh
chmod +x build.sh

sudo ./build.sh --prefix ${prefix} tools csg -DEXTERNAL_BOOST=OFF -DWITH_SQLITE3=NO -DGSL_INCLUDE_DIR=/usr/local/gsl/include/ -DGSL_LIBRARY=/usr/local/gsl/lib/libgsl.a -DCBLAS_LIBRARY=/usr/local/gsl/lib/libgslcblas.a -DOXYGEN_EXECUTABLE=/Applications/Doxygen.app/Contents/Resources/doxygen -DBoost_INCLUDE_DIR=/opt/boost-1.59.0/include/ -DWITH_MKL=OFF


Por fim, adicione o comando source no .bash_profile (ou .profile) indicando o VOTCA e suas ferramentas:

source /LOCAL_ONDE_FOI_INSTALADO/bin/VOTCARC.bash

No nosso exemplo:

# VOTCA
source /opt/votca/bin/VOTCARC.bash


Mais informações


À depender do usuário e da utilização, algumas dessas flags podem/deverão ser alteradas.
O tutorial tem como objetivo auxiliar o usuário iniciante nas suas escolhas. Em casos de dúvidas, consulte o manual do VOTCA (que pode ser encontrado em: https://code.google.com/p/votca/wiki/Manual).

Mais informações sobre instalação (incluindo em outras distribuições linux): https://code.google.com/p/votca/wiki/Installing

-- GCH

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Este tutorial tem o objetivo de auxiliar e guiar na instalação do software package VOTCA (http://www.votca.org/). O VO...Falsebiomat2015-10-24T16:35:01+00:00biomatBiomat2014-04-19 13:48:51+00:002014-04-19 13:48:51updated51biomatBiomat2014-04-19 13:40:24+00:002014-04-19 13:40:24updated50biomatBiomat2014-03-07 18:21:37+00:002014-03-07 18:21:37updated49biomatBiomat2014-02-27 12:30:24+00:002014-02-27 12:30:24updated48biomatBiomat2014-02-27 12:27:38+00:002014-02-27 12:27:38updated47biomatBiomat2014-02-26 22:08:24+00:002014-02-26 22:08:24updated46biomatBiomat2014-02-25 14:35:18+00:002014-02-25 14:35:18updated45biomatBiomat2014-02-25 14:33:33+00:002014-02-25 14:33:33updated44biomatBiomat2014-02-25 14:32:16+00:002014-02-25 14:32:16updated43biomatBiomat2014-02-25 14:30:06+00:002014-02-25 14:30:06updated42biomatBiomat2014-02-25 14:03:37+00:002014-02-25 14:03:37updated41biomatBiomat2014-02-25 13:59:32+00:002014-02-25 13:59:32updated40biomatBiomat2014-02-25 13:57:47+00:002014-02-25 13:57:47updated39biomatBiomat2014-02-25 13:56:52+00:002014-02-25 13:56:52updated38biomatBiomat2014-02-24 19:35:19+00:002014-02-24 19:35:19updated37biomatBiomat2014-02-03 15:15:39+00:002014-02-03 15:15:39updated36biomatBiomat2014-02-03 15:15:09+00:002014-02-03 15:15:09updated35biomatBiomat2013-11-06 23:36:18+00:002013-11-06 23:36:18updated34biomatBiomat2013-11-06 23:36:13+00:002013-11-06 23:36:13updated33biomatBiomat2011-09-03 09:42:19+00:002011-09-03 09:42:19updated32biomatBiomat2011-08-23 21:52:46+00:002011-08-23 21:52:46updated31biomatBiomat2011-07-26 22:37:00+00:002011-07-26 22:37:00updated30biomatBiomat2011-07-09 20:45:07+00:002011-07-09 20:45:07updated29tasoaresThereza Soares2011-05-21 01:52:32+00:002011-05-21 01:52:32updated28biomatBiomat2011-05-20 09:52:18+00:002011-05-20 09:52:18updated27biomatBiomat2011-05-20 09:03:48+00:002011-05-20 09:03:48updated26biomatBiomat2011-05-19 01:09:24+00:002011-05-19 01:09:24updated25biomatBiomat2011-05-19 01:09:09+00:002011-05-19 01:09:09updated24biomatBiomat2011-05-07 05:12:52+00:002011-05-07 05:12:52updated23biomatBiomat2011-05-06 18:42:54+00:002011-05-06 18:42:54updated22biomatBiomat2011-05-06 10:13:59+00:002011-05-06 10:13:59updated21biomatBiomat2011-05-06 10:12:46+00:002011-05-06 10:12:46updated20biomatBiomat2011-05-06 01:39:45+00:002011-05-06 01:39:45updated19biomatBiomat2011-03-09 23:58:20+00:002011-03-09 23:58:20updated18Added tag - hotbiomatBiomat2011-03-09 23:58:15+00:002011-03-09 23:58:15addTag17biomatBiomat2011-03-04 11:43:58+00:002011-03-04 11:43:58updated16biomatBiomat2011-03-04 11:33:45+00:002011-03-04 11:33:45updated15biomatBiomat2011-03-04 11:33:14+00:002011-03-04 11:33:14updated14biomatBiomat2011-03-04 11:23:04+00:002011-03-04 11:23:04updated13biomatBiomat2011-03-04 11:22:25+00:002011-03-04 11:22:25updated12biomatBiomat2011-03-04 11:21:56+00:002011-03-04 11:21:56updated11biomatBiomat2011-03-04 11:19:50+00:002011-03-04 11:19:50updated10biomatBiomat2011-03-04 11:19:04+00:002011-03-04 11:19:04updated9biomatBiomat2011-03-04 11:14:52+00:002011-03-04 11:14:52updated8biomatBiomat2011-03-04 10:43:23+00:002011-03-04 10:43:23updated7biomatBiomat2011-03-04 10:42:05+00:002011-03-04 10:42:05updated6biomatBiomat2011-03-04 10:40:44+00:002011-03-04 10:40:44updated5biomatBiomat2011-03-04 10:38:59+00:002011-03-04 10:38:59updated4biomatBiomat2011-03-04 10:38:06+00:002011-03-04 10:38:06updated3biomatBiomat2011-03-04 10:37:18+00:002011-03-04 10:37:18updated2First createdbiomatBiomat2011-03-04 10:35:29+00:002011-03-04 10:35:29created1wiki2014-04-19T13:48:51+00:00groups/geekstuff/wiki/c24e6FalseCluster barolo - Guia do usuário/groups/geekstuff/wiki/c24e6/Cluster_barolo__Guia_do_usuario.htmlBiomat51 updatesCluster barolo - Guia do usuário Introdução Antes de você começar a rodar cálculos na barolo, por favor, siga todos os passos abaixo. Gostaria de adicionar que a barolo está c...Falsebiomat2014-04-19T13:48:51+00:00biomatBiomat2013-03-14 22:07:29+00:002013-03-14 22:07:29updated29biomatBiomat2013-03-14 22:06:03+00:002013-03-14 22:06:03updated28biomatBiomat2013-03-14 20:51:48+00:002013-03-14 20:51:48updated27biomatBiomat2013-03-14 20:51:28+00:002013-03-14 20:51:28updated26biomatBiomat2013-03-14 20:47:35+00:002013-03-14 20:47:35updated25biomatBiomat2013-03-14 20:46:59+00:002013-03-14 20:46:59updated24biomatBiomat2013-02-11 01:01:04+00:002013-02-11 01:01:04updated23biomatBiomat2013-02-11 00:58:48+00:002013-02-11 00:58:48updated22biomatBiomat2013-02-11 00:56:47+00:002013-02-11 00:56:47updated21biomatBiomat2013-02-11 00:56:04+00:002013-02-11 00:56:04updated20biomatBiomat2013-02-08 04:57:24+00:002013-02-08 04:57:24updated19biomatBiomat2013-02-08 04:57:14+00:002013-02-08 04:57:14updated18biomatBiomat2013-02-08 04:54:53+00:002013-02-08 04:54:53updated17biomatBiomat2013-02-08 04:50:29+00:002013-02-08 04:50:29updated16biomatBiomat2013-02-08 04:39:37+00:002013-02-08 04:39:37updated15biomatBiomat2013-02-08 03:13:49+00:002013-02-08 03:13:49updated14biomatBiomat2013-02-08 03:11:55+00:002013-02-08 03:11:55updated13biomatBiomat2013-02-08 02:56:49+00:002013-02-08 02:56:49updated12biomatBiomat2013-02-08 02:29:20+00:002013-02-08 02:29:20updated11biomatBiomat2013-02-08 02:26:06+00:002013-02-08 02:26:06updated10Added tag - hotbiomatBiomat2013-02-08 02:19:24+00:002013-02-08 02:19:24addTag9biomatBiomat2013-02-08 00:00:46+00:002013-02-08 00:00:46updated8biomatBiomat2013-02-07 22:17:35+00:002013-02-07 22:17:35updated7biomatBiomat2013-02-07 22:12:20+00:002013-02-07 22:12:20updated6biomatBiomat2013-02-07 22:09:38+00:002013-02-07 22:09:38updated5biomatBiomat2013-01-31 22:07:20+00:002013-01-31 22:07:20updated4biomatBiomat2013-01-31 22:06:53+00:002013-01-31 22:06:53updated3biomatBiomat2013-01-31 22:06:06+00:002013-01-31 22:06:06updated2First createdbiomatBiomat2013-01-31 22:01:42+00:002013-01-31 22:01:42created1wiki2013-03-14T22:07:29+00:00groups/geekstuff/wiki/2ebb2FalseGROMACS 4.6 Installation Guide/groups/geekstuff/wiki/2ebb2/GROMACS_46_Installation_Guide.htmlBiomat29 updatesGROMACS 4.6 Installation Guide 1. Introduction GROMACS 4.6 has another procedure to be installed compared to the previous 4.5.X versions. Now it does not rely on the ...Falsebiomat2013-03-14T22:07:29+00:00hot/groups/geekstuff/search/index.rss?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcomelist/groups/geekstuff/search/?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcomeRecent ChangesRecentChangesListUpdates?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcome0/groups/geekstuff/sidebar/RecentChangesListmodifiedDateallRecent ChangesRecentChangesListUpdateswiki/welcomeNo recent changes.reverse5search