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Cluster barolo - Guia do usuário

Introdução


Antes de você começar a rodar cálculos na barolo, por favor, siga todos os passos abaixo. Gostaria de adicionar que a barolo está configurada com cotas de 50 MB para cada usuário na partição home. Portanto, submeta seus cálculos a partir do scratch!

1. Modificando sua senha


Antes de modificar a sua senha, você deve pensar numa senha para usar. Existem algumas sugestões que são muito úteis de serem seguidas.

Sugestão do Professor Roberto


  • 8 caracteres no minimo, dos quais
  • Dois sejam numericos e/ou simbolos
  • Uma ou mais letras maiusculas

Sugestão do Ubuntu


A strong password is defined as any password which meets the following criteria:
  • At least fifteen (15) characters in length.

  • Does not contain your user name, real name, organization name, family member's names or names of your pets.
  • Does not contain your birth date.
  • Does not contain a complete dictionary word.
  • Is significantly different from your previous password.
  • Should contain three (3) of the following character types.

    • Lowercase Alphabetical (a, b, c, etc.)
    • Uppercase Alphabetical (A, B, C, etc.)
    • Numerics (0, 1, 2, etc.)
    • Special Characters (@, %, !, etc.)
Leia mais aqui.

Sugestão da Microsoft


An ideal password is long and has letters, punctuation, symbols, and numbers.

  • Whenever possible, use at least 14 characters or more.

  • The greater the variety of characters in your password, the better.

  • Use the entire keyboard, not just the letters and characters you use or see most often.


Leia mais aqui.

Criadores de senha automáticos


Strong Password Generator (SPG)

Automatic Password Generator (APG)

Trocando a senha via parte gráfica


Para alterar a senha através da parte gráfica, utilize o browser (safari, firefox, etc...) para acesar o LDAP account manager. Através do caminho da barolo.




Na prática


Por fim, com a senha na mão devemos modificar a sua senha atual. Digite no terminal
passwd
E mude a senha.

2. Configurando o SSH


Criando uma senha interna


Esta etapa abaixo só deve ser feita um única vez na barolo, pois a pasta /home será exportada para todas as outras máquinas.


O sistema de filas requer que os usuários sejam capazes de acessar os nós de cálculo sem que haja a necessidade de pedir uma senha.

Para fazer isto digite no terminal e digite enter para TODOS os passos
ssh-keygen
Vá para a pasta /home/$USER/.ssh
cd ~/.ssh
Copie o arquivo id_rsa.pub para authorized_keys
cp id_rsa.pub authorized_keys
Por fim, tente acessar a barolo
ssh barolo1
Você já pode acessar as demais máquinas sem que haja a necessidade de uma senha.

Acessando todas as máquinas


Antes de poder acessar o sistema de filas você deve ser capaz de acessar sua conta nas demais máquinas sem que haja a necessidade de interação via console.

Neste caso, não se esqueça de acessar as demais máquinas para poder acessar o sistema de filas.

A lista atual de máquinas é:

barolo1
barolo2
barolo3
barolo4
barolo5
amarone1
amarone2
amarone3

3. Configurando seu perfil de usuário


Os programas da barolo estão compilados para cada tipo de máquina do sistema, estas são: login, barolo e amarone.
Para habilitar a lista de programas disponíveis no login basta incluir no seu ~/.bashrc:
module load login
Para habilitar o gromacs 4.6.5, basta incluir no seu ~/.bashrc as linhas:
module load gromacs-4.6.5
A lista de programas disponíveis no login podem ser visto com:
module avail
Para adicionar os demais programas basta escolher o nome do módulo:
module load <nome-do-módulo>
Caso o programa de interesse não apresente o módulo do programa de interesse é porque este programa ainda não foi instalado nesta máquina. Para verificar programas disponíveis para cada máquina basta digitar
module load <nome-do-módulo>

Alias úteis


Tem ainda um monte de alias que vocês poderiam adicionar no seu ~/.bashrc. Eu, por exemplo, gosto destes aqui:

Genéricos

alias ls='ls --color=auto -h'
alias ll='ls -l'

Melhoria da produtividade

alias clean='rm -f *~ .*~ \#* .\#~'
alias scr='cd /scratch/$USER'


4. Entendendo o sistema de filas


Para entender melhor o sistema de filas seria bom você ler as páginas abaixo
http://wikis.sun.com/display/GridEngine/Using+Sun+Grid+Engine

Na barolo há duas instâncias do sistema de filas funcionando, uma para controlar as máquinas barolo e outra para controlar as máquinas amarone. Para facilitar o uso dos dois sistemas de filas, desenvolveu-se alguns scripts para substituir alguns programas do sistema de filas.

Estes scripts são:

  • Comandos que substituem o qsub:
    • asub e bsub;
  • Comandos que substituem o qstat
    • fila, afila e bfila;
  • Comandos que substituem o qdel
    • adel e bdel.

Rodando cálculos


Atualmente existem 2 filas na barolo. A fila sorso e a bottiglia. A fila sorso tem a finalidade de rodar programas de análise de resultados, ou ferramentas que atuem sobre arquivos muito grandes, como por exemplo, o trajconv ou trajcat do gromacs.

O número máximo de processadores utilizados na sorso é 2 e na bottiglia é 36, muito embora esta última tenha 44 processadores.

Gromacs


Para rodar os cálculos basta você criar um arquivo de submissão que deve conter mais ou menos estas informações:

Para as máquinas barolo:
#
# Sun Grid variables
#
#$ -S /bin/bash
#$ -q barolo
#$ -N gromacs-barolo
#$ -wd /barolo/$USER
#$ -o /barolo/$USER
#$ -j y
#$ -pe mpi 2
#
# Gromacs
#
. /opt/barolo/gromacs-4.6.5/bin/GMXRC.bash
/opt/scripts/sge/machinefile $TMPDIR/machines > $TMPDIR/mach
nprocs=`/opt/scripts/sge/nprocs $TMPDIR/machines`
#
# mdrun_d
#
/opt/barolo/mvapich2-1.9/bin/mpirun -np $nprocs -machinefile $TMPDIR/mach mdrun_d -v -s input.tpr -deffnm input-run -noappend -cpi input-run.cpt
Para as máquinas amarone:
#
# Sun Grid variables
#
#$ -S /bin/bash
#$ -q amarone
#$ -N gromacs-amarone
#$ -wd /amarone/$USER
#$ -o /amarone/$USER
#$ -j y
#$ -pe mpi 2
#
# Gromacs
#
. /opt/amarone/gromacs-4.6.5/bin/GMXRC.bash
/opt/scripts/sge/machinefile $TMPDIR/machines > $TMPDIR/mach
nprocs=`/opt/scripts/sge/nprocs $TMPDIR/machines`
#
# mdrun_d
#
/opt/amarone/mvapich2-1.9/bin/mpirun -np $nprocs -machinefile $TMPDIR/mach mdrun_d -v -s input.tpr -deffnm input-run -noappend -cpi input-run.cpt


E depois digitar qsub <arquivo-de-submissão>. Para verificar o status da fila basta você digitar qstat. Para saber a lista de máquinas no sistema de filas e suas configurações digite qhost.

Para cancelar um job digite: qdel <job-ID>. O job-ID pode ser verificado com o comando qstat.

NwChem 6.3


Para as máquinas barolo:
#
# Sun Grid variables
#
#$ -S /bin/bash
#$ -q barolo
#$ -N nwchem-barolo
#$ -wd /barolo/$USER
#$ -o /barolo/$USER
#$ -j y
#$ -pe mpi 2
#
#
#
/opt/scripts/sge/machinefile $TMPDIR/machines > $TMPDIR/mach
nprocs=`/opt/scripts/sge/nprocs $TMPDIR/machines`
#
# NWCHEM
#
/opt/barolo/mvapich2-1.9/bin/mpirun -np $nprocs -machinefile $TMPDIR/mach /opt/barolo/nwchem-6.3/bin/LINUX64/nwchem <input-file-name>
Para as máquinas amarone:
#
# Sun Grid variables
#
#$ -S /bin/bash
#$ -q amarone
#$ -N nwchem-amarone
#$ -wd /amarone/$USER
#$ -o /amarone/$USER
#$ -j y
#$ -pe mpi 2
#
#
#
/opt/scripts/sge/machinefile $TMPDIR/machines > $TMPDIR/mach
nprocs=`/opt/scripts/sge/nprocs $TMPDIR/machines`
#
# NWCHEM
#
/opt/amarone/mvapich2-1.9/bin/mpirun -np $nprocs -machinefile $TMPDIR/mach /opt/amarone/nwchem-6.3/bin/LINUX64/nwchem <input-file-name>

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Este tutorial tem o objetivo de auxiliar e guiar na instalação do software package VOTCA (http://www.votca.org/). O VO...Falsebiomat2015-10-24T16:35:01+00:00biomatBiomat2014-04-19 13:48:51+00:002014-04-19 13:48:51updated51biomatBiomat2014-04-19 13:40:24+00:002014-04-19 13:40:24updated50biomatBiomat2014-03-07 18:21:37+00:002014-03-07 18:21:37updated49biomatBiomat2014-02-27 12:30:24+00:002014-02-27 12:30:24updated48biomatBiomat2014-02-27 12:27:38+00:002014-02-27 12:27:38updated47biomatBiomat2014-02-26 22:08:24+00:002014-02-26 22:08:24updated46biomatBiomat2014-02-25 14:35:18+00:002014-02-25 14:35:18updated45biomatBiomat2014-02-25 14:33:33+00:002014-02-25 14:33:33updated44biomatBiomat2014-02-25 14:32:16+00:002014-02-25 14:32:16updated43biomatBiomat2014-02-25 14:30:06+00:002014-02-25 14:30:06updated42biomatBiomat2014-02-25 14:03:37+00:002014-02-25 14:03:37updated41biomatBiomat2014-02-25 13:59:32+00:002014-02-25 13:59:32updated40biomatBiomat2014-02-25 13:57:47+00:002014-02-25 13:57:47updated39biomatBiomat2014-02-25 13:56:52+00:002014-02-25 13:56:52updated38biomatBiomat2014-02-24 19:35:19+00:002014-02-24 19:35:19updated37biomatBiomat2014-02-03 15:15:39+00:002014-02-03 15:15:39updated36biomatBiomat2014-02-03 15:15:09+00:002014-02-03 15:15:09updated35biomatBiomat2013-11-06 23:36:18+00:002013-11-06 23:36:18updated34biomatBiomat2013-11-06 23:36:13+00:002013-11-06 23:36:13updated33biomatBiomat2011-09-03 09:42:19+00:002011-09-03 09:42:19updated32biomatBiomat2011-08-23 21:52:46+00:002011-08-23 21:52:46updated31biomatBiomat2011-07-26 22:37:00+00:002011-07-26 22:37:00updated30biomatBiomat2011-07-09 20:45:07+00:002011-07-09 20:45:07updated29tasoaresThereza Soares2011-05-21 01:52:32+00:002011-05-21 01:52:32updated28biomatBiomat2011-05-20 09:52:18+00:002011-05-20 09:52:18updated27biomatBiomat2011-05-20 09:03:48+00:002011-05-20 09:03:48updated26biomatBiomat2011-05-19 01:09:24+00:002011-05-19 01:09:24updated25biomatBiomat2011-05-19 01:09:09+00:002011-05-19 01:09:09updated24biomatBiomat2011-05-07 05:12:52+00:002011-05-07 05:12:52updated23biomatBiomat2011-05-06 18:42:54+00:002011-05-06 18:42:54updated22biomatBiomat2011-05-06 10:13:59+00:002011-05-06 10:13:59updated21biomatBiomat2011-05-06 10:12:46+00:002011-05-06 10:12:46updated20biomatBiomat2011-05-06 01:39:45+00:002011-05-06 01:39:45updated19biomatBiomat2011-03-09 23:58:20+00:002011-03-09 23:58:20updated18Added tag - hotbiomatBiomat2011-03-09 23:58:15+00:002011-03-09 23:58:15addTag17biomatBiomat2011-03-04 11:43:58+00:002011-03-04 11:43:58updated16biomatBiomat2011-03-04 11:33:45+00:002011-03-04 11:33:45updated15biomatBiomat2011-03-04 11:33:14+00:002011-03-04 11:33:14updated14biomatBiomat2011-03-04 11:23:04+00:002011-03-04 11:23:04updated13biomatBiomat2011-03-04 11:22:25+00:002011-03-04 11:22:25updated12biomatBiomat2011-03-04 11:21:56+00:002011-03-04 11:21:56updated11biomatBiomat2011-03-04 11:19:50+00:002011-03-04 11:19:50updated10biomatBiomat2011-03-04 11:19:04+00:002011-03-04 11:19:04updated9biomatBiomat2011-03-04 11:14:52+00:002011-03-04 11:14:52updated8biomatBiomat2011-03-04 10:43:23+00:002011-03-04 10:43:23updated7biomatBiomat2011-03-04 10:42:05+00:002011-03-04 10:42:05updated6biomatBiomat2011-03-04 10:40:44+00:002011-03-04 10:40:44updated5biomatBiomat2011-03-04 10:38:59+00:002011-03-04 10:38:59updated4biomatBiomat2011-03-04 10:38:06+00:002011-03-04 10:38:06updated3biomatBiomat2011-03-04 10:37:18+00:002011-03-04 10:37:18updated2First createdbiomatBiomat2011-03-04 10:35:29+00:002011-03-04 10:35:29created1wiki2014-04-19T13:48:51+00:00groups/geekstuff/wiki/c24e6FalseCluster barolo - Guia do usuário/groups/geekstuff/wiki/c24e6/Cluster_barolo__Guia_do_usuario.htmlBiomat51 updatesCluster barolo - Guia do usuário Introdução Antes de você começar a rodar cálculos na barolo, por favor, siga todos os passos abaixo. Gostaria de adicionar que a barolo está c...Falsebiomat2014-04-19T13:48:51+00:00biomatBiomat2013-03-14 22:07:29+00:002013-03-14 22:07:29updated29biomatBiomat2013-03-14 22:06:03+00:002013-03-14 22:06:03updated28biomatBiomat2013-03-14 20:51:48+00:002013-03-14 20:51:48updated27biomatBiomat2013-03-14 20:51:28+00:002013-03-14 20:51:28updated26biomatBiomat2013-03-14 20:47:35+00:002013-03-14 20:47:35updated25biomatBiomat2013-03-14 20:46:59+00:002013-03-14 20:46:59updated24biomatBiomat2013-02-11 01:01:04+00:002013-02-11 01:01:04updated23biomatBiomat2013-02-11 00:58:48+00:002013-02-11 00:58:48updated22biomatBiomat2013-02-11 00:56:47+00:002013-02-11 00:56:47updated21biomatBiomat2013-02-11 00:56:04+00:002013-02-11 00:56:04updated20biomatBiomat2013-02-08 04:57:24+00:002013-02-08 04:57:24updated19biomatBiomat2013-02-08 04:57:14+00:002013-02-08 04:57:14updated18biomatBiomat2013-02-08 04:54:53+00:002013-02-08 04:54:53updated17biomatBiomat2013-02-08 04:50:29+00:002013-02-08 04:50:29updated16biomatBiomat2013-02-08 04:39:37+00:002013-02-08 04:39:37updated15biomatBiomat2013-02-08 03:13:49+00:002013-02-08 03:13:49updated14biomatBiomat2013-02-08 03:11:55+00:002013-02-08 03:11:55updated13biomatBiomat2013-02-08 02:56:49+00:002013-02-08 02:56:49updated12biomatBiomat2013-02-08 02:29:20+00:002013-02-08 02:29:20updated11biomatBiomat2013-02-08 02:26:06+00:002013-02-08 02:26:06updated10Added tag - hotbiomatBiomat2013-02-08 02:19:24+00:002013-02-08 02:19:24addTag9biomatBiomat2013-02-08 00:00:46+00:002013-02-08 00:00:46updated8biomatBiomat2013-02-07 22:17:35+00:002013-02-07 22:17:35updated7biomatBiomat2013-02-07 22:12:20+00:002013-02-07 22:12:20updated6biomatBiomat2013-02-07 22:09:38+00:002013-02-07 22:09:38updated5biomatBiomat2013-01-31 22:07:20+00:002013-01-31 22:07:20updated4biomatBiomat2013-01-31 22:06:53+00:002013-01-31 22:06:53updated3biomatBiomat2013-01-31 22:06:06+00:002013-01-31 22:06:06updated2First createdbiomatBiomat2013-01-31 22:01:42+00:002013-01-31 22:01:42created1wiki2013-03-14T22:07:29+00:00groups/geekstuff/wiki/2ebb2FalseGROMACS 4.6 Installation Guide/groups/geekstuff/wiki/2ebb2/GROMACS_46_Installation_Guide.htmlBiomat29 updatesGROMACS 4.6 Installation Guide 1. Introduction GROMACS 4.6 has another procedure to be installed compared to the previous 4.5.X versions. Now it does not rely on the ...Falsebiomat2013-03-14T22:07:29+00:00hot/groups/geekstuff/search/index.rss?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcomelist/groups/geekstuff/search/?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcomeRecent ChangesRecentChangesListUpdates?sort=modifiedDate&kind=all&sortDirection=reverse&excludePages=wiki/welcome0/groups/geekstuff/sidebar/RecentChangesListmodifiedDateallRecent ChangesRecentChangesListUpdateswiki/welcomeNo recent changes.reverse5search