Gaussian 09

Para o uso do Gaussian instalado, deve-se carregar suas variáveis de ambiente carregando o módulo "g09.c01" com o comando:
$ module load g09.c01
Recomendamos seu uso apenas no ambiente não-cuda. Cada cálculo irá ocupar um nó com oito núcleos, assim no cabeçalho do arquivo de input devemos colocar a seguinte linha:
%nprocshared=8

* A definição da memória RAM máxima diponível para o cálculo deve ser definida através da diretiva %mem. Deve-se tomar cuidado, pois a quantidade de memória RAM difere entre as máquinas octa-core, variando entre 12 GB e 48 GB, se seu cálculo necessita de muita memória, essa requisição no input deve ser acompanhada do pedido de memória ao sistema de fila adicionando a linha: #$ -l mem_free=XXG no cabeçalho do arquivo de job, aqui XX é a quantidade de memoria em GB requisistada.

Abaixo é mostrado um exemplo de input para o cálculo da molécula de H2:

 
%nprocshared=8
%mem=1GB
%chk=h2_hf631g.chk
#n opt hf/6-31g

Optimization of H2; HF/6-31G

0 1
H 0. 0. 0.
H 1.0 0.0 0.

Para maiores informações sobre a construção de inputs para o gaussian, deve-se vistar a página do programa. A submissão do input é feita via construção de um arquivo de job. É possível construir o arquivo de job com o uso do srcipt createjobgaussian - disponível para todos os usuários - ou utilizando o modelo abaixo:

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#
# Sun Grid variables
#
#$ -q octa
#$ -N H2
#$ -cwd
#$ -o /home/usuario/h2_pasta

# Gaussian 09 Revision C.01
module load g09.c01
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR

# Copying the input file to execution directory
touch $TMPDIR/COPY_FILES_IF_FAILS

# Executing Gaussian
g09 h2.gjf

# If want to copy additional files to original directory
#cp *.wfn $SGE_O_WORKDIR
#cp $SGE_O_WORKDIR
#

# Do not change this
rm -f $TMPDIR/COPY_FILES_IF_FAILS


Aqui é importante ressaltar alguns pontos nas linhas:

  • 04: definição da fila, neste caso o cálculo irá para a fila octa;
  • 05: nome do job a ser mostrado na fila;
  • 07: caminho completo da pasta onde será escrito o arquivo de output do SGE com informações do job;
  • 14: esta linha deve ser descomentada caso se deseje os arquivos temporários gerados durante o cálculo caso o job caia por algum motivo;
  • 17: execução do cálculo propriamente dita;
  • 20/21: a variável $SGE_O_WORKDIR é definida na linha 07;
Ao utilizar esse modelo, deve-se tomar o cuidado de somente alterar as linhas 05, 07, 14 (opcional) e 17.

Deve-se lembrar que os arquivos temporários são importantes para reiniciar cálculos, principalmente de frequências analíticas e com scf incompleto. Mais informações estão disponíveis no manual do usuário do gaussian.

* Não esqueça de citar o Gaussian09 em seus trabalhos. As instruções estão acessíveis em: Como Citar o Gaussian09.

Comments

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O wiki é aberto à todos os usuári...Falsecastro2014-03-21T15:24:32+00:00Gabriel: tirei dos hots!biomatBiomat2011-10-10 21:25:45+00:002011-10-10 21:25:45updated4biomatBiomat2011-08-30 06:39:24+00:002011-08-30 06:39:24updated3Added tag - hotbiomatBiomat2011-08-30 06:39:21+00:002011-08-30 06:39:21addTag2First createdbiomatBiomat2011-08-30 06:14:20+00:002011-08-30 06:14:20created1wiki2011-10-10T21:25:45+00:00groups/lqtc/wiki/9293bFalseReunião Mensal - 26/08/11/groups/lqtc/wiki/9293b/Reunio_Mensal__260811.htmlBiomat4 updatesReunião Mensal - 26/08/11 Reunião realizada no dia 26 de agosto de 2011. Horário: 13h30 Quem convocou: LQTC Participantes: Gabriel, Eduardo Castro, Agrinaldo, Fred, E...Falsebiomat2011-10-10T21:25:45+00:00criado por Gabriel.biomatBiomat2011-10-10 21:25:21+00:002011-10-10 21:25:21updated3Added tag - hotbiomatBiomat2011-10-10 21:25:20+00:002011-10-10 21:25:20addTag2First createdbiomatBiomat2011-10-10 21:14:52+00:002011-10-10 21:14:52created1wiki2011-10-10T21:25:21+00:00groups/lqtc/wiki/3c591FalseReunião Mensal - 07/10/11/groups/lqtc/wiki/3c591/Reunio_Mensal__071011.htmlBiomat3 updatesReunião Mensal - 07/10/11 Reunião realizada no dia 07 de outubro de 2011. Horário: 14h30 Quem convocou: LQTC Participantes: Gabriel, Miguel, Agrinaldo, Fred, Carol Pach...Falsebiomat2011-10-10T21:25:21+00:00biomatBiomat2011-08-30 06:43:51+00:002011-08-30 06:43:51updated16biomatBiomat2011-06-10 04:23:09+00:002011-06-10 04:23:09updated15biomatBiomat2011-06-10 03:44:45+00:002011-06-10 03:44:45updated14biomatBiomat2011-06-10 03:11:34+00:002011-06-10 03:11:34updated13tasoaresThereza Soares2011-06-09 21:45:10+00:002011-06-09 21:45:10updated12tasoaresThereza Soares2011-06-09 21:44:42+00:002011-06-09 21:44:42updated11tasoaresThereza Soares2011-06-09 21:43:19+00:002011-06-09 21:43:19updated10castroEduardo de Castro Aguiar2011-06-07 09:50:50+00:002011-06-07 09:50:50updated9biomatBiomat2011-06-04 03:53:35+00:002011-06-04 03:53:35updated8biomatBiomat2011-06-04 03:48:34+00:002011-06-04 03:48:34updated7biomatBiomat2011-06-04 03:46:53+00:002011-06-04 03:46:53updated6Added tag - grupobiomatBiomat2011-06-04 03:46:50+00:002011-06-04 03:46:50addTag5Added tag - lqtcbiomatBiomat2011-06-04 03:46:46+00:002011-06-04 03:46:46addTag4Added tag - hotbiomatBiomat2011-06-04 03:46:42+00:002011-06-04 03:46:42addTag3biomatBiomat2011-06-04 03:46:20+00:002011-06-04 03:46:20updated2First createdbiomatBiomat2011-06-04 02:58:17+00:002011-06-04 02:58:17created1wiki2011-08-30T06:43:51+00:00groups/lqtc/wiki/774c3FalseGRUPOS LQTC/groups/lqtc/wiki/774c3/GRUPOS_LQTC.htmlBiomat16 updatesGRUPOS LQTC Nesta página estão as informações sobre os grupos de administração do LQTC. 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